El Laboratorio Nacional de Computación Científica (LNCC) pone a disposición de investigadores y científicos que trabajan en soluciones para la pandemia del nuevo coronavirus, de forma gratuita, los recursos de procesamiento paralelizado (GPU) de la supercomputadora Santos Dumont con el software Parabricks ¹ de NVIDIA Enterprise.
Santos Dumont es la supercomputadora más grande de América Latina y está ubicada en Petrópolis, en Río de Janeiro. Está involucrado en alrededor de 150 proyectos de investigación que abordan la exploración de petróleo y gas, el carbón mineral y las energías renovables, el desarrollo de medicamentos contra el VIH, los estudios climáticos y la investigación sobre el virus Zika, el dengue y, actualmente, también el nuevo coronavirus.
Para agilizar el proceso, la supercomputadora se actualizó con 376 GPU NVIDIA Tesla V100 en diciembre de 2019, lo que la llevó a una capacidad de procesamiento total de aproximadamente 5,1 cuatrillones de operaciones por segundo. Eso es aproximadamente un aumento del 360 % en comparación con la especificación original de 2015 de 1,1 petaflops .
Parabricks utiliza GPU para acelerar el análisis del genoma hasta 50 veces la velocidad de servidor a servidor . Este software puede reducir el tiempo para analizar un genoma humano completo de 2 días a menos de una hora. Dada la propagación sin precedentes de la pandemia, generar resultados en horas en lugar de días podría tener un impacto extraordinario en la comprensión de la evolución del virus y el desarrollo de vacunas.
“La supercomputadora Santos Dumont se utilizará para procesar exomas y genomas humanos y genomas de Covid-19. Con paquete NVIDIA Parabricks genoma Analysis Toolkit (GATK), que se ejecuta en nodos GPU, buscaremos variantes en muestras de ADN de pacientes y virus, con el fin de comprender el comportamiento de la enfermedad en diferentes individuos para apoyar estrategias sobre cómo enfrentar la pandemia”, explica Luiz Gonzaga, tecnólogo del Laboratorio de Bioinformática del Laboratorio Nacional de Computación Científica.
Los interesados en utilizar estas herramientas para investigaciones relacionadas con el nuevo coronavirus deberán enviar el proyecto a través del enlace con el formulario oficial .